Las sustancias amargas del Ajenjo estimulan a los receptores químicos en la lengua, provocando la secreción de sustancias digestivas y de la digestión en general. Es por esto, que es valorado como un remedio en casos de digestión lenta y síntomas de mala digestión como gases intestinales, inflamación y dolor abdominal.

Estimula la secreción de bilis desde la vesícula biliar, sustancia importante en la digestión de las grasas para el aprovechamiento de nutrientes y de algunas vitaminas.

Es utilizado también contra algunos tipos de parásitos intestinales.